Dans T.I.M.E Stories, les joueurs incarnent des agents temporels, expédiés à travers le temps ou dans des univers parallèles. Les agents sont envoyés dans des corps-réceptacles dotés de caractéristiques spécifiques, qui leur permettent d'affronter toutes sortes de situations. Chaque scénario commence par un briefing de mission. Bob, votre instructeur de l'agence T.I.M.E vous y donne les informations, règles et détails spécifiques de l'aventure. Ensuite, vous prenez place dans votre caisson de transfert qui vous incarne dans le personnage-réceptacle (appartenant à ce lieu et à cette époque) de votre choix. Puis, c'est le départ vers le premier lieu du scénario Au cours de chaque mission, vous explorez des lieux présentés sous la forme de panoramas de cartes. Pour cela, vous positionnez votre agent sur l'une des cartes de la scène (si vous y avez accès), et pouvez alors en prendre connaissance. Pour triompher des embûches que vous rencontrerez, vous devrez combattre, convaincre, déduire, obtenir différents éléments pour accéder à des lieux fermés, résoudre des énigmes et surmonter toutes sortes d’épreuves. Vos actions et vos déplacements prennent du temps, mesuré par le biais d'Unités de Temps (U.T.). Attention : chaque scénario impose une limite d'U.T.. Lorsque vous n'en avez plus, la session en cours (également appelée run), se termine. Vous êtes alors renvoyés à la base et devez repartir dans la mission. A vous d'optimiser vos choix afin de faire le run le plus efficace. Echouer trop souvent pourrait avoir de lourdes conséquences... Remplissez votre mission en un minimum de runs !