Le film suit le parcours de deux Papous. Le premier, Benneth, ne parvient pas à survivre dans la ville, et décide de rentrer dans sa tribu Iatmul pour retrouver ses racines et redonner un sens à son destin : il va se faire initier, subir les scarifications qui feront de lui un Homme-crocodile. Autre personnage du film, Jethro, est un indigné qui se bat contre l'installation de la mine d'or de Porgera qui, comme la majorité des installations étrangères, excluent les papous de leurs propres territoires et les réduisent à la misère. « Papous, entre deux mondes » montre clairement ce que prophétisait Claude Lévi-Strauss : la crainte d'une humanité installée dans une monoculture, produisant une civilisation de masse, subissant son lot de crises, de droits bafoués et de désastres écologiques.