Capitaine d’une équipe de secours en mission sur une étrange planète, vous avez le pouvoir de diriger de petites créatures végétales, spécialités locales appelées Pikmin. Vous pouvez les faire pousser et surtout les commander pour faire face aux dangers que vous rencontrerez au cours de votre mission. Il en existe de toutes sortes comme les Pikmin rouges qui sont insensibles au feu, et les tout nouveaux Pikmin glace qui peuvent geler vos ennemis et des éléments du décor. Utilisez leurs atouts et votre sens de la stratégie pour mener à bien votre mission : sauver le capitaine Olimar et les autres explorateurs disparus !

Ce nouvel opus accueille un compagnon canin de l’espace : Otchin, qui vous aidera en détruisant certains obstacles ainsi qu’en portant les Pikmin sur son dos. Grâce à tous ces minuscules alliés, aucun défi ne sera trop grand pour vous !